임상시험 부가가치세 부과 논란에 대해 조세심판원이 신중한 입장을 보여 주목된다.

국무총리 조세심판원은 17일 을지대가 제기한 임상시험 부가가치세 부과 심판청구 첫 심의를 열고 국세청과 을지대에 추가 자료 제출을 주문했다.

앞서 국세청은 기재부의 유권해석을 토대로 지난해 가톨릭대 서울성모병원과 한림대, 을지대 등 3개 대학 임상시험 소급적용(최근 5년)으로 130억원 부가가치세 추징을 통보했다.

기재부는 약사법(제34조)을 근거로 '용역제공자, 용역 제공받은 자, 용역결과물 등을 고려할 때 임상시험은 의료행위라고 볼 수 없다'는 유권해석을 내린 바 있다.

이에 새누리당 문정림 의원이 지난주 국회 보건복지위원회 복지부 업무보고에서 의료법상 의료행위인 임상시험의 부가세 부과는 문제가 있다고 개선을 촉구했으며, 문형표 장관은 기재부를 설득하겠다고 답변했다.

복지부 박인석 보건산업정책국장은 15일 기재부 해당 국장과 만나 임상시험 부가가치세 부과 문제점을 논의했으나, 양측의 입장만 확인한 것으로 전해졌다.

이날 조세심판원 심판관은 논란을 의식한 듯 "임상시험 부가가치세 부과 심판은 중요한 사항"이라며 "부가적 설명이 부족한 만큼 양측 모두 추가 자료를 제출하라"고 요청한 것으로 알려졌다.

을지대 측은 임상시험은 의료법상 의료행위로 면세 대상에 해당한다면서 국세청 부가세 징수의 부당성을 전달한 것으로 전해졌다.

최근 5년간 국내에서 실시한 다국가 임상시험을 비롯한 전체 임상시험 비용이 약 2천억원으로 국세청이 부과대상을 전체 대학으로 확대할 경우, 최소 1000억원대 징수가 예상된다.

한편, 병원협회는 16일 긴급 회장단회의를 열고 임상연구의 경쟁력 저하와 국가간 분쟁에 우려감을 표하면서 국세청의 부가가치세 부과 철회를 촉구했다.