보건소 업무가 국민 건강증진과 보건교육 뿐 아니라 보건학 등 다른 분야와 관련된 전문지식도 필요하다는 점과 각 보건소에 보건소장을 제외한 의사를 1~6명 씩 두고 있어 의료업무 수행이 가능하다는 점 그리고 지역의료원장은 비의사도 임명이 가능하다는 점 등이다.
하지만 복지부 입장은 달랐다.
건강정책과(과장 이상진) 관계자는 전문기자협의회 소속 기자와 통화에서 "국가인권위원회로부터 지역보건법 시행령 개정 권고문을 받았다. 하지만 보건소장 의사 우선 채용 조항은 국민의 눈높이를 맞추고, 보건소 신뢰 기대치를 고려한 것"이라면서 "인권위원회 권고사항은 검토할 수 있지만, 추진은 별개 문제"라고 선을 그었다.
그는 이어 "지역보건법 개정은 쉬운 문제가 아니다"라면서 "지금도 지역보건법 시행령에 입각해 각 지자체에 보건소장 의사 우선 채용을 권고하고 있다"고 말했다.
보건복지부는 2006년 인권위원회의 동일 사안인 보건소장 자격을 '의사면허를 가진 자 또는 보건 관련 전문지식을 가진 인력'으로 개정할 것을 권고한 내용을 수용하지 않았다.
2015년 현재, 254개 지자체 보건소장 중 의사 출신 보건소장은 절반도 못 미치는 103명에 불과한 것으로 집계됐다.