국립의료원 폐원을 저지하기 위해 전 직원과 동문들이 함께한 결의대회 모습.스칸디나비아 3개국도 의료원 폐원에 반대 입장을 표명하는 등 국제적 문제로 비화되는 양상을 보였다.
결국, 같은 해 10월 국회 보건복지위원회는 국립의료원 매각 반대 결의안을 만장일치로 채택하며 결국 정부도 재검토로 입장을 바꿨다.
국립의료원은 2000년 들어 새로운 변화를 맞이했다.
당시 책임운영기관으로 지정되면서 장기이식관리센터(KONOS) 및 중앙응급의료센터 개소 그리고 2003년 국가중앙의료원 설립추진단 구성으로 현재까지 진행 중인 원지동 이전 문제가 본격화됐다.
의료원의 역할을 각인 시킨 사건은 2000년 의약분업이다.
그해 6월 서울대병원 등 대형병원을 포함한 의료계 전체가 의약분업에 반대해 집단폐업에 들어간 의료대란이 벌어졌다.
국립의료원도 예외는 아니었다.
전공의 150명이 폐업에 동참해 응급실과 진료 기능이 사실상 마비 상태였다.
하지만, 전문의 71명은 동료 의사들의 집단행동에 동의하면서도 국가병원 역할을 위해 외래와 응급실, 중환자실, 수술실 등에 24시간 상주하며 6일간 지속된 의료대란으로 밀려드는 환자 치료에 혼신을 다했다.
간호대학 마지막 졸업식에 참석한 김근태 장관(좌)과 한 시민이 의료대란시 정상진료를 한 의료진( 박효숙 적정관리실장)에게 꽃다발을 증정하는 모습(우).많은 국민들은 의료원 의료진에게 감사의 뜻을 담은 꽃다발을 전달해 당시 의료원 로비에는 꽃 향기가 가득한 이색적인 풍경을 연출했다.
성형외과 박철규 전문의(서울의대 명예교수)는 "80년대까지 국립의료원은 서울대병원과 어깨를 나란히 하는 최고의 수련병원이었다"면서 "의료원 스탭으로 간 것은 교수들 사이에서도 자랑이며 자부심이었다"고 회상했다.
홍인표 부원장은 "의료원은 학맥과 인맥을 떠나 실력 있는 의사를 공정하게 선발하는 기회와 꿈의 병원이었다"면서 "여러 대학 출신이 한데 모여 최고의 술기를 위해 배려하고, 노력하는 정신은 지금도 지속되고 있다"고 말했다.