대통령 표창은 총 15명으로 성빈센트병원 유소연 팀장과 강동성심병원 엄중식 교수, 서울아산병원 이상오 교수, 충남대병원 조덕연 진료처장, 충북대병원 정혜원 부교수, 굿모닝병원 김아영 감염관리 전담간호사, 명지병원 이꽃실 부교수 등이 수상했다.
또한 서울의료원 조성자 간호교육팀장과 보라매병원 김정아 수간호사, 경기도의료원 박태경 수간호사, 강남세브란스병원 송영구 교수, 국방부 권영철 부이사관, 경기도 보건환경연구원 윤미혜 지역보건연구원, 경찰청 류재혁 경정, 국립중앙의료원 등도 대통령 표창을 받았다.
더불어 서울의료원 박태환 과장과 순천향대 부천병원 한수하 감염관리팀장, 연세대 최준용 교수, 건양대학교 정선영 교수, 대전센텀병원 김종민 간호부장, 좋은강안병원 문나겸 간호부장, 임홍섭내과의원 임홍섭 원장 등 20명이 국무총리 표창을 수상했다.
정진엽 장관은 발간사를 통해 "217일간 대응과정에서 정부와 국회, 전문가 집단, 언론, 국제기구 등의 방역체계 발전 정책발표 그리고 날카로운 지적과 제안이 있었다"면서 "48개 과제 중 31개 과제가 종료됐으며 나머지 과제도 최선을 다해 진행하고 있다"고 말했다.
그는 "2016년 하반기 중 관련 법령 개정을 통해 병원 내 감염관리 강화와 응급실 과밀화 개선 등을 지속적으로 추진할 예정"이라고 전하고 "감염병 환자의 진료체계를 갖추도록 법률 규정도 중요하지만 국민들의 이해와 협조도 중요해 입원환자 병문안과 경증환자 응급실 이용 자제를 골자로 하는 병원 문화개선 홍보와 캠페인을 지속적으로 추진하겠다"고 밝혔다.
정진엽 장관은 끝으로 "메르스와 관계된 모든 분들에게 깊은 감사를 드리고, 메르스로 희생된 분들과 유가족에게 위로를 드린다"고 말했다.
의료계 일각에서는 정부가 최근 연이어 발표한 감염예방을 위한 음압병실 설치와 입원실 이격거리 등 의료기관 중심 규제정책을 두고 메르스 사태 발생 시 약속한 의료인과 의료기관 보상책과 동떨어졌다는 비판이 제기되고 있다.