질병관리청은 예산과 인사, 조직을 독자적으로 운영할 수 있고, 감염병과 관련한 정책과 집행 기능도 실질적 권한을 갖는다.
현재 복지부 위임을 받아 질병관리본부가 수행하고 있는 질병관리와 건강증진 관련 각종 조사와 연구, 사업도 고유권한으로 추진한다.
다만, 감염병 관련 업무 중 다수 부처 협력이 필요하거나 보건의료 체계와 밀접한 관련이 있는 기능은 효율적 업무 수행을 위해 복지부가 계속 수행한다.
감염병 예방과 방역, 치료에 필요한 물품 수출금지와 의료기관 손실보상 등이 이에 해당한다.
또한 감염병이 전국적으로 확산되어 범정부 역량 결집이 필요한 위기 상황에서는 복지부와 질병관리청이 함께 대응하는 현 체계를 유지한다.
질병관리본부의 장기와 조직, 혈액 관리 기능은 보건의료 자원 관리 및 보건사업과 연계성을 고려해 복지부로 이관한다.
복지부 복수차관제도 도입한다.
복지부 1차관은 기획조정 및 복지 분야를, 제2차관은 보건의료 분야를 담당하며 보건복지부 명칭은 그대로 유지한다.
보건차관 도입으로 현 국립보건연구원의 감염병연구센터를 확대 개편해 국립감염병연구소를 신설한다.
국립감염병연구소는 감염병 감시부터 치료제와 백신 개발, 상용화까지 전 과정 대응 체계를 구축하는 감염염 연구기능을 담당한다.
신설되는 질병관리청 소속으로 권역별 '질병대응센터'(가칭)를 설치해 지역 현장의 역학조사와 질병 조사 분석을 수행하게 된다.
행자부 진영 장관은 "정부 조직법 개정안이 조속히 심의 통과될 수 있도록 국회의 각별한 관심과 적극적인 협조를 부탁드린다"면서 "코로나19 위기 상황을 현명하게 극복하고, 앞으로 닥쳐올 수 있는 감염병 위기로부터 국민을 안전하게 지키기 위한 역량 체계를 갖춰 나가겠다"고 말했다.
앞서 더불어민주당 신현영 의원과 정춘숙 의원 등이 동일한 내용의 정부조직법 개정안을 대표 발의한 상태로 정부 개정안과 함께 여야 합의로 구성될 행정안전위원회와 법제사법위원회에서 병합 심의될 것으로 전망된다.