정부는 2000년 의료계의 우려에도 불구하고 의약분업을 강행하면서 우리나라 역사상 초유의 의료파업 사태가 벌어지자 수 차례에 걸쳐 의료 수가를 인상하였다.
1년도 지나지 않아 건강보험 재정이 고갈되는 상황이 되자 당시 김원길 보건복지부 장관은 '건강보험 재정 안정화 대책'을 발표하면서 2001년 7월부터 5년간 한시적으로 시행하되 일부 특정과의 일방적인 피해가 인정되면 시정할 것을 약속하여 의료계는 전국민 고통분담 차원에서 불이익을 감수하며 동참하였다.
'건강보험 재정 안정화 대책'에는 차등수가제를 비롯하여 주사제 처방료 삭제, 야간 가산료적용시간 축소, 진찰료 처방료 통합 등의 조치가 있었으며 5년이 지난 2006년 모든 조치가 원래대로 환원되었으나 차등수가제만 유일하게 법제화되면서 현재까지 남아있다.
차등수가제란 1일 외래환자 75명 이상 100명까지는 진찰료의 10%를, 100명 이상 150명 까지는 25%, 150명 이상은 50%를 삭감하는 제도로서 시행이래 연 평균 750억원의 피해를 전국의 개원의사의 47% 정도가 감당하고 있다.
2008년 보건복지부 국정감사에서 한나라당 심재철의원이 차등수가제의 부당함을 지적하고 전면 재검토를 촉구하자 장관은 "차등수가제도는 건강보험 재정 안정화 뿐 아니라 적정진료를 유도하고 특정의료기관에 환자가 집중되는 것을 억제하려는 측면도 있다"고 답변하였다.
그러나 의료법 제6조 1항에 의하면 '의사는 진료의 요구를 받은 때에는 정당한 이유 없이 이를 거부하여서는 아니 된다'고 되어 있고, 1일 진료환자가 75명이 넘었다고 접수를 마감하면 이는 진료를 거부할 수 있는 정당한 이유가 되지 못하므로 진료의사는 의료법 위반으로 처벌을 받게 된다.
환자는 의사를 선택할 수 있지만 의사는 환자를 선택하거나 거부할 수 없는 상황에서 차등수가제는 환자의 적정진료를 유도하고 특정의료기관에 환자가 집중되는 것을 억제하는 기능을 할 수 없다. 그러므로 장관의 답변은 잘못된 것이다.
또한 건강보험 재정은 2009년 5월까지 3조2천2백여억원의 누적흑자를 기록하여 제도 도입 당시의 목적인 재정안정화를 이미 충분히 달성한 상태이므로 차등수가제는 더 이상 유지할 명분이 없으며 단지 의사의 수입을 착취하는 장치일 뿐이다.
쾌적한 공간에서 첨단의 장비를 갖추고 친절한 직원과 최신의 지식으로 환자를 진료하는 의사에게 불이익을 주는 차등수가제도는 의료계를 하향 평준화 시키고 발전을 저해하고 있는 만큼 폐지되는 것이 마땅하다.