최근 환자감소와 경영난으로 어려움을 겪고 있는 의료기관들이 엎친데 덮친 격으로 세 부담까지 겹치면서 울상을 짓고 있다.

20일 병원계에 따르면 중소병원급 의료법인의 경우 수백만원부터 수천만원까지 납부해야할 세금이 늘었다.

특히 대학병원의 경우 평균 3억원에서 많게는 20억원까지 세 부담이 커질 전망이다.

이는 최근 정부가 학교법인 의과대학병원, 국립대병원, 사회복지 법인병원 등 의료기관에 적용했던 세금 감면혜택을 지방의료원 수준으로 축소한테 따른 변화다.

안전행정부는 '지방세특례제한법 일부개정안' 입법예고를 통해 의대 부속병원과 사회복지법인 의료기관의 지방세 감면혜택을 축소한다고 밝혔다.

지금까지 대학병원 및 사회복지법인 의료기관은 재산세, 지역자원시설세, 등록면허세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분 등 6가지 항목에 대해 감면혜택을 받아왔다.

하지만 앞으로는 재산세, 등록면허세, 취득세만 감면혜택을 제공하기로 했다.

국립대병원 또한 재산세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분 등 4가지 감면해주던 것을 재산세, 등록면허세, 취득세로 축소한다.

이에 따라 예상치 않은 세 부담을 안게 된 의료기관들은 난색을 표하고 있다.

A중소병원장은 "생각지도 않았던 지방세 납부로 수천만원을 납부하게 생겼다"면서 "그렇지 않아도 최근 경영상태가 좋지 않은데 걱정"이라고 털어놨다.

그는 이어 "그동안 감면혜택을 받아오던 지방세를 갑자기 내려니 병원 운영에 부담으로 작용할 수 밖에 없다"고 덧붙였다.

규모가 큰 대학병원 상황은 더욱 심각하다. 적게는 3억원선에서 많게는 20억원을 육박하는 경우도 있다. 말 그대로 세금 폭탄을 맞는 셈이다.

모 대학병원 관계자는 "내부적으로 추산해본 결과 지방세 부담이 10억원에 달할 것으로 예상된다"면서 "요즘 환자 감소로 기존 사업도 축소하고 있는데 난감하다"고 말했다.

이에 대해 대한병원협회 관계자는 "의료기관의 규모 및 직원 수에 따라 격차가 크겠지만 대학병원의 경우 적게는 3억 5천만원 정도의 세 부담이 발생할 것"이라면서 "빅5병원의 경우 지방세 감면혜택 축소로 세 부담이 20억원에 달하는 곳도 있다"고 전했다.

그는 이어 "예상치 못했던 세금 부담에 당황스러울 것"이라면서 "특히 대형병원들은 더욱 난감한 상황"이라고 덧붙였다.