의료기관에 대한 강도높은 세무조사 가능성이 제기되면서 의료계에 주의보가 내려졌다. 특히 신용카드 사용기피, 미가맹 기관이나 방송출연, 신문 등 언론매체 광고실적이 많은 곳이 주요 타깃이 될 것이란 지적이다.

대한의사협회는 20일 "정부가 연말정산간소화에 대한 의료계의 대응과 관련해 강도 높은 세무조사 강행을 준비하고 있다는 정보가 입수되었다"며 모든 지출에 대한 근거자료를 어떤 형태로든 보유하고 동업자 권형에 맞춰 소득 및 매출액을 신고하며 신고소득에 맞춰 재산취득 및 소비수준을 유지하는 등의 사전 조치를 취할 것을 당부했다.

또 세무조사는 조사유형에 따라 다르나 세무사찰이나 탈세 제보 등 긴급이나 비밀을 요하는 경우가 아니면 대부분 조사 개시 10일 전에 세무조사가 예고된다며 세무조사 통지를 받은 경우 세무대리인에게 조력을 구하는 등 사전 조치를 취해야 한다고 설명했다.

아울러 의협은 세무조사 중점조사 예상항목으로 △환자 접수대상 및 진료기록을 기준으로 금전 출납부와 수입 누락 여부 △카드 청구, 건강 보험, 의료급여, 일반 의료수입등 자료 누락 여부 △직원 업무 내용 및 급여액 △차량관련 사용자 및 업무 관련 여부 △일반 지출 증빙에 대한 증빙수취 여부 △세무신고 비용 항목에 대한 사실 여부 △제약회사와 장려금 등 지급여부 등을 제시했다.

의협은 세무조사가 나왔을 때는 차분하게 행동하고 세무조사 공무원의 소속 및 성명을 알아서 기록하고 자료제시 요구에 성실히 응하고 조사 종결 후 확인서에 서명하기 전에 세무대리인과 상의하라고 주문했다.

국세청과 건강보험공단이 지난해 12월 병·의원과 약국 등 전국 7만4372개 의료기관을 상대로 연말정산용 증빙서류를 제출받은 결과, 전체의 20.3%인 1만5132곳이 제출을 하지 않은 것으로 집계했다. 의원 39%, 한의원 23%, 약국 7%가 증빙서류를 제출하지 않았다.

이에따라 국세청은 증빙서류 제출을 거부한 의료기관들의 경우 소득을 축소해 탈세를 하려는 의도가 있다고 보고 세무조사 실시 등 세원 관리를 강화하는 한편 증빙서류 제출을 거부하는 의료기관에 대해 수입금액 정례신고 때 세원을 철저하게 밝혀낼 것이라고 했었다.