한국의과대학장협의회(회장 정풍만)는 "오는 2009년도까지로 예정된 있는 의학전문대학원 체제 시험 운영기간 동안에는 의과대학 자율적으로 전문대학원 체제 도입 여부를 결정할 수 있도록 해 달라"는 내용의 의견서를 교육인적자원부에 제출했다.

협의회는 의견서에서 "이미 의학전문대학원 체제로 전환됐거나 전환 예정인 학교에 대해서는 모집인원의 50% 한도 내에서 의예과 또는 일반학부의 형태로 고등학교 졸업생을 뽑을 수 있도록 허용하는 것이 필요하다"면서 "비록 보장형으로 선발된 학생의 경우라도 MEET(의학전문대학원 입학 자격시험)을 치르는 것이 바람직하다"고 했다.

협의회는 이어 "정부가 처음 약속한대로 의학전문대학원 체제로 전환됐거나 전환 예정인 학교에 대해서는 행정 및 재정지원을 이행해 줄 것과 함께, 사립학교에 대해서는 재정적 손실 보전을 통해 국립대학 수준의 보상이 이루어질 수 있도록 해 달라"고 요구했다.

협의회는 아울러 "2010년 우리나라에 적합한 의학교육제도에 대한 정책방향을 최종적으로 결정할 때에는 의과대학 학장협의회의 의견을 적극 존중해 줄 것을 약속해 달라"고 했다.

의학전문대학원 전환과 관련, 그동안 의협을 비롯한 의과대학교수협의회, 전국의과대학학생대표자연합(전의련) 등에서는 교육부는 획일적인 의학전문대학원 전환 추진을 중단하고 개별 대학의 자율적인 선택권을 보장해 줄 것 등을 요구해 왔었다.