의료기기 회사가 정부가 인정하는 의학재단에 일정 금액을 기부했다면 그 금액에 대해 법인세를 부과하는 것은 부당하다는 확정판결이 나와 주목된다.

의료기기 회사와 의학재단을 특수 관계인으로 보는 것은 과도한 처사라는 것이다.

대법원은 최근 한국의학학술재단 등에 기부한 금액에 대해 법인세가 부과되자 이를 취소해 달라며 의료기기 회사가 제기한 법인세 부과처분 취소소송에서 이에 대한 법인세를 감면하라고 주문했다.

3일 판결문에 따르면 대법원이 이번 사건에서 주목한 것은 과연 의료기기 회사와 의학재단이 특수 관계인에 속하는 가에 대한 부분이다.

현재 법인세법 52조에 따르면 법인이 특수한 관계에 있는 다른 법인에 돈을 빌려주고 일부러 이를 받지 않는 경우 조세회피를 위한 것이라고 판단해 세금을 물릴 수 있도록 돼 있다.

결국 국세청은 이 두 법인의 관계가 특수 관계인이라고 판단하고 법인세를 부과하고, 의료기기 회사는 기부금을 채권으로 보는 것은 부당하다며 소송을 제기한 것이다.

재판부는 "법인이 특수 관계자로부터 받아야 할 채권을 고의로 지연시켰다면 그 금액이 이미 회수됐다가 다시 지급된 것으로 봐야 한다"며 "이는 곧 업무와 관련 없는 가지급금에 해당하는 만큼 이에 대한 이자 등에 법인세를 부과하는 것이 맞다"고 설명했다.

의료기기 회사가 재단에 기부금 형태로 돈을 빌려준 것이라면 당연히 법인세가 부과돼야 한다는 것이 법원의 판단.

재판부는 "하지만 한국의학학술지원재단과 한국임상의학연구재단은 모두 정부에서 허가를 받아 설립된 재단"이라며 "또한 정관상 설립목적이나 사업에 비춰볼때 학술연구단체라는 것이 확인된다"고 밝혔다.

이어 "따라서 의료기기 제조, 판매를 목적으로 하는 법인과 이 재단이 특수한 관계로 묶여 있다고 보기는 힘들다"며 "재단에 기부한 금액은 지정기부금에 해당해 법인세를 부과해서는 안된다는 원심의 판결은 정당하다"고 판결했다.