복지부가 가톨릭대 서울성모병원 등 3개 대학병원에 부과된 임상시험 부가가치세 개선에 본격적으로 나서 주목된다.

보건복지부에 따르면, 박인석 보건산업정책국장이 15일 기획재정부 재산소비세정책관과 만나 임상시험 부가가치세 부과 관련 유권해석 문제를 논의한다.

앞서 국세청은 기재부 유권해석을 토대로 지난해 가톨릭대 서울성모병원과 한림대, 을지대 등 3대 대학병원 임상시험 전체(최근 5년간)에 130억원의 부가가치세를 추징했다.

기재부는 약사법(제34조)을 근거로 '용역제공자, 용역 제공받은 자, 용역결과물 등을 고려할 때 임상시험은 의료행위라고 볼 수 없다'는 유권해석을 내린 바 있다.

새누리당 문정림 의원은 지난주 열린 보건복지위원회 복지부 업무보고 회의에서 "국세청이 임상시험에 부가세를 부과한 것은 의료법상 의료행위는 부가세 면세와 배치된다"며 조속한 개선책을 촉구했다.

이에 문형표 장관은 "임상시험 부가세를 면제 하도록 기재부를 설득 하겠다"고 답변했다.

박인석 국장도 문 의원 질문에 "임상시험은 의료법상 의료행위로 부가가치세 면세에 해당한다"고 못 박았다.

박인석 국장은 14일 '메디칼타임즈'와 통화에서 "기재부 담담 국장을 15일 만나 임상시험 부가가치세 문제를 논의하기로 했다"며 "의료법상 임상시험은 의료행위로 면세에 해당하는 만큼 설득해 나가겠다"고 말했다.

그는 "기재부가 약사법 특성을 간과해 유권해석을 내린 것으로 보인다"면서 "그런 논리라면 약사법에 규정한 의사 처방도 의료행위가 아니라고 해석할 수 있다"고 지적했다.

박 국장은 "첫 만남에 결과를 단정 지을 수 없지만 기재부를 설득하겠다"며 "기재부 유권해석이 바뀌면 3개 대학 130억원 부가세 징수도 환원될 수 있을 것"이라고 전했다.

하지만 기재부 반응은 냉담하다.

부가가치세제과 관계자는 "복지부와 논의해봐야겠지만, 의료행위 면세는 환자 치료비 부담 완화 차원"이라며 "제약사와 병원간 임상시험을 면새대상으로 볼 것인가 이견이 있다"고 말했다.

이 관계자는 이어 "복지부가 넓게 해석해 의료행위는 무조건 면세라고 할 수 있지만, 기재부는 부가세 면세 취지에 맞게 엄격하게 해석했다"며 유권해석 입장을 고수했다.

다만, "국회와 병원협회 등에 문제를 제기하고 있다"면서 "복지부과 협의해 조속한 시일 내 결론을 내리겠다"고 여운을 남겼다.

문정림 의원과 병원계는 국세청이 임상시험 부가가치세 징수 대상 병원을 확대할 경우 다국가 임상 기피 등 국가 차원의 의료경쟁력 약화가 우려된다면서 정부의 현명한 판단을 기대하고 있는 상황이다.