기재부의 유권해석일 이후 임상시험 부가가치세 부과 방침에 복지부 배수의 진을 치고 대응하고 있어 주목된다.

23일 보건복지부에 따르면, 빠르면 다음주 중 법제처에 임상시험 부가가치세 부과에 따른 기획재정부의 유권해석에 이의를 제기하고 법령 해석을 의뢰하기로 방침을 정했다.

앞서 기재부는 지난 13일 보도자료를 통해 "국세예규심사위원회를 열고 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험 용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석 일(2014년 3월 17일) 이후 최초 계약을 체결한 분부터 적용하기로 결정했다"고 밝힌 바 있다.

기재부의 이번 결정은 복지부와 의료기관에서 제기한 임상시험 비과세 주장에 소급적용을 안한다는 중재안인 셈이다.

이에 따라 서울대병원과 서울성모병원 등 대형병원별 수 백 억원대 과세 위기에서 벗어나 안도하면서도, 복지부의 해석과 상반된 과세 부여에 불만이 여전한 상태.

보건의료를 총괄하는 복지부의 심기는 더욱 불편하다.

의료법상 엄연한 의료행위인 임상시험을 타 부처의 유권해석으로 비의료행위 것으로 해석돼 결론적으로 과세를 부과한 것은 주 부처로서 자존심을 구긴 셈이다.

앞서 복지부 문형표 장관과 박인석 보건산업정책국장은 지난 4월 국회 보건복지위원회 업무보고 중 문정림 의원의 지적에 "임상시험은 의료법상 의료행위로 부가가치세 면세에 해당한다"고 답변했다.

복지부는 기재부의 중재안과 무관하게 임상시험 과세를 수용할 수 없다는 입장이다.

복지부 관계자는 "기재부 유권해석과 복지부 입장을 법제처에 전달해 명확한 법령 해석을 받기로 했다"면서 "기재부에 공식 입장을 요청했으나 답변이 없어 조만간 법제처에 의뢰할 예정"이라고 말했다.

그는 "법제처가 기재부와 다른 의견으로 해석했음에도 불구하고 기재부가 현 방침을 고수하면 향후 소송 발생시 불리하게 작용할 수 있다"고 덧붙였다.

일각에서 원격진료와 의료법인 투자활성화 등으로 복지부가 경제부처에 끌려가고 있다는 비판이 제기되고 있다는 점에서 임상시험 과세 여부를 둘러싼 부처간 자존심 대결에 이목이 집중되고 있다.