2009년 1월경 국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙이 개정되며, 리베이트를 제공하는 등 유통질서를 문란하게 한 것이 확인된 약제에 대하여 약제의 상한금액을 조정할 수 있는 근거가 마련되었다.

소위 리베이트-약가인하 연동제가 바로 그것이다. 그리고 2009. 8.에는 구체적인 약가 상한금액 인하율 산정방식 등이 규정되었다.

위 기준에 의하여 리베이트 제공이 확인된 제약회사들의 약가에 대하여 상한금액이 인하되었고 제약회사들은 위 인하처분에 대한 취소소송들을 제기하였는데, 최근 서울행정법원에서 대체로 위 처분은 타당하다는 1심 판결이 선고되고 있으나, 일부 제약회사에 대하여는 처분을 취소하는 판결이 선고된바 있다.

제약회사의 손을 들어준 2012년 6월 1일 선고에서 H제약의 영업사원이 C군의 공중보건의에게 리베이트를 지급하였다는 사실로 벌금형을 선고받았고, 이에 보건복지부는 C군보건소에서 처방된 H제약의 의약품(9개 품목) 전체를 기초로 약제 상한금액의 인하폭을 결정하였다.

H제약은 리베이트 약가인하와 관련된 의료기관 표본이 C군보건소에만 한정되어 있고, 동 보건소에서 처방된 총액은 전국의 총액에 비추어 매우 미미함에도 불구하고 C군보건소에서 행하여진 리베이트 수수로 인하여 전체 약제 상한금액을 인하한 것은 부당하다고 주장하였고, 법원은 위와 같은 원고의 주장을 받아들였다.

반면, 2012년 5월 25 선고된 J사 사건에서 법원은 약가인하처분이 정당하다고 판시하였다. J사의 경우는 위 H사의 경우와 달리 500여개의 요양기관을 상대로 조사하여 4억 여원을 리베이트로 지급한 사실이 확인되었고, 회사에 대하여 판매업무정지와 과징금까지 부과되었던 사안이었다. 법원은 조사 대상 범위가 넓어 어느 정도 객관성이 담보되었으므로 처분이 부당하지 않다고 판단하였다.

비록 사안마다의 결론은 다르지만 법원은 리베이트 약가인하 제도에 대하여 보건복지부에 광범위한 재량권을 인정하며 제도의 목적 자체는 정당하다는 입장으로 보인다.

또, 이 제도가 리베이트 제도를 막는 데 어느 정도 효과적이라고 판단하며, 설사 특허 만료 후 1년이 지난 약제에 대하여 위 제도에 따라 일률적으로 약가를 낮추는 경우 약가 인하를 중복으로 겪게 되어 원가를 보전하지 못하게 되는 경우가 있다고 하더라도 제도 자체가 불합리한 것은 아니라는 입장이다.

일부, 약가인하 처분이 부당하다고 판시하는 경우에도 그 판결 이유는 제도 자체에 문제가 있다는 내용이 아니고 구체적인 사례에서 절차상 공평성과 타당성을 확보하지 못하였기 때문이라고 생각된다. 각 제약회사들은 위반사례에 비하여 약가인하로 겪는 어려움이 지나치게 크다고 주장하고 있는 바, 향후 상급심에서의 판단이 주목된다.