행정안전부가 코로나19 상황을 감안해 올해 말 종료되는 의료기관 재산세 감면 일몰 규정을 연장했다.

하지만 2015년 이전 개원한 대학병원과 중소병원은 재산세 감면 일몰 연장 대상에서 제외돼 수 백 억원 대 세금 추징은 피하기 어려울 전망이다.

행정안전부는 지난 11일 '지방세특례제한법 일부개정 법률안'을 입법예고했다.

주요 내용은 의료기관이 감면받고 있는 부동산 취득세 및 재산세 일몰 기한을 2021년 12월 31일에서 2024년 12월 31일로 3년 연장하는 것이다.

또한 감염병 환자 진료 및 검사 등에 대한 기여도가 높은 감염병 전담병원은 감면율을 현 50%에서 60%로 10% 높였다.

이번 개정안은 2016년 이후 개원한 의료기관 대상이다.

앞서 행안부는 2015년 12월말 이전 의료기관이 취득한 부동산 취득세와 재산세 50% 감면 조치를 2020년 12월말로 종료했다.

그리고 2016년부터 개원한 의료기관은 5년 단위로 재산세 감면 일몰제를 시행하고 있다.

개정안은 2016년 개원한 의료기관의 2021년 12월말 감면 종료를 3년 연장한 셈이다.

재산세 감면 연장을 기대했던 다수 병원들은 망연자실한 모습이다.

의료법인과 학교법인, 공공의료기관, 사회복지법인 등 2015년 이전 개원한 병원들이 감면 혜택 없이 올해 부담해야 할 재산세는 총 744억원에 달하는 것으로 추정된다.

수도권 대학병원 재무담당자는 "혹시나 하고 기대를 했는데 행안부의 재산세 감면 연장 개정안은 2016년 이후 개원한 병원에만 해당하는 '빚 좋은 개살구'에 불과하다"면서 "코로나 방역을 명분으로 감면 기간을 연장했다면 헌신하는 모든 병원에 적용하는 것이 마땅하다"고 말했다.

행안부는 원론적 입장을 견지하고 있다.

지방특례제도과 관계자는 "재산세 감면 일몰 연장 개정안은 코로나 방역과 치료에 기여한 의료기관을 감안한 조치"라면서 "감염병법에 따라 지정된 병원은 감면율을 10% 추가 적용했다"고 설명했다.

그는 "개정안 적용 대상은 2016년 부동산 취득세와 재산세를 취득한 의료기관으로 2015년 이전 개원한 의료기관은 2020년말 재산세 감면 일몰기한을 그대로 적용한다"고 말했다.

한편, 지방세특례제한법 개정안 중 일부 문구가 보건의료 개념을 간과해 빈축을 사고 있다.

행안부는 개정안에 '감염병 환자 진료 및 검사 등에 대한 기여도가 높은 감염병 전문병원 지정 시 감면율 10% 추가 적용'이라고 명시했다.

그리고 감염병 전문병원을 감염병법 제8조 2에 따라 지정된 병원이라고 부연 설명했다.

질병청은 지난 2017년 중앙 감염병 전문병원으로 국립중앙의료원 지정을 시작으로 조선대병원, 순천향대 천안병원, 양산부산대병원 등 일부 병원에 그친 상황이다.

행안부의 감염병 전문병원 문구는 복지부 중수본과 지자체가 지정한 감염병 전담병원과 감염병 중환자병상 병원 등을 오인한 것으로 보인다.