임상시험 부가가치세 징수 관련 법령해석이 복지부의 소극적 대처로 표류 중인 것으로 나타났다. 의료법에 근거해 임상시험은 면세 대상이라는 복지부 외침이 자칫 공허한 메아리로 전락할 수 있다는 지적이다.

18일 법제처에 따르면, 보건복지부가 의뢰한 기획재정부 임상시험 부가가치세 부과에 따른 법령해석을 유보하고 조만간 추가 자료를 복지부에 요구하기로 방침을 정했다.

앞서 복지부 문형표 장관과 박인석 보건산업정책국장은 지난 4월 국회 보건복지위원회 업무보고 중 새누리당 문정림 의원의 지적에 "임상시험은 의료법상 의료행위로 부가가치세 면세에 해당한다"면서 기재부를 설득하겠다는 입장을 피력한 바 있다.

논란이 확산되자 기재부는 지난 5월 보도자료를 통해 "의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험 용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(2014년 3월 17일) 이후 최초 계약을 체결한 분부터 적용한다"는 중재안을 내놨다.

기재부는 이어 8월 발표한 2014년 세제개정안에서 '의료기관이 해외 제약사에 임상시험 용역을 제공하고 외화를 획득하는 경우 부가가치세 영세율을 적용한다'고 추가 개선책을 제시했다.

그렇다고 임상시험이 부가가치세 과세 대상이라는 기재부 입장이 바뀐 것은 아니다.

이를 예상하듯, 복지부는 지난 6월 법제처에 임상시험은 부가가치세 면세 대상이라고 주장하고 기재부의 유권해석을 첨부해 법령해석을 의뢰했다.

박인석 국장의 바통을 이어받은 배병준 보건산업정책국장은 "임상시험은 의료행위와 연구행위로 부가가치세 부과 대상이 아니다"라며 "법제처의 답변을 기다리고 있다"고 밝혔다.

하지만, 3개월이 지난 현재까지 법제처는 내부 검토만 했을 뿐 심의조차 하지 않은 것으로 파악됐다.

법제처 관계자는 "검토 중이나 내용이 어렵다. 기재부로부터 부가세 징수의 당위성에 대한 입장은 들었으나, 심의를 위해서는 공식적인 답변이 필요하다"면서 "조만간 복지부에 기재부 공식 입장을 첨부할 것을 요청할 계획"이라고 말했다.

그는 이어 "임상시험 외에도 부처간 입장이 달라 법령해석을 의뢰하는 경우도 많다"며 "민감한 사안은 법령해석심의위원회에서 보류하기도 한다"며 신중한 입장을 보였다.

국내 임상시험 건수는 2009년 400건(국내 198건, 다국가 202건), 2010년 439건(229건, 210건), 2011년 503건(309건, 194건), 2012년 670건(367건, 303건) 등 급성장세를 보이는 상황이다.

이에 따른 임상시험 총 비용은 2012년 이후 5000억원을 상회하고 있는 것으로 알려졌다.

의료계 관계자는 "주 부처인 복지부는 법제처 해석만 기다리고 있고, 기재부는 임상시험 부과 범위를 마음껏 재단하고 있다"며 "이러다가 의료법과 약사법 유권해석도 기재부에 의뢰해야 할 지경"이라고 꼬집었다.

문정림 의원실은 "법제처에서 법령해석이 안 나온다면 그동안 복지부가 임상시험 부가세 관련 어떤 노력을 했는지 진행 상황을 면밀히 짚어보겠다"면서 "의료법에 의거 임상시험은 의료행위로 부가세 대상이 아니다"라고 강조했다.