세무당국의 네트워크 의료기관과 사무장병원에 대한 부가가치세 징수가 강화될 전망이다.

감사원은 지난 23일 국세청 본원 감사결과를 통해 서울지방국세청의 '명의대여 의료기관에 대한 부가가치세 미징수'에 주의요구를 통보했다.

감사결과에 따르면, 서울지방국세청은 2015년 10월부터 11월까지 00전문 00기과 A의료기관을 전국 단위 네트워크병원 형태로 운영한 실사업자 Y씨에 대한 개인사업자통합조사를 실시했다.

현 의료법(제33조 제8항)에 따르면 '의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설 운영할 없다'고 명시되어 있다.

또한 부가가치세법(제26조 제1항 제5호, 시행령 제35)에 따르면, 의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역은 부가가치세 면세 대상이며, 대법원(2013년 5월 9일 선고, 2011두 5834 판결)은 의료법에 따른 의사 등이 의료법 등에 따라 제공하는 것만 부가가치세 면세 대상인 의료보건용역으로 보고 있다.

감사원은 "의료기관을 이미 개설한 의료인이 의료법을 위반해 다른 의료인 명의로 병원을 중복해 개설 운영한 경우, 그 병원들에서 제공된 의료보건용역은 부가가치세 면세 대상이 아니다"라고 규정했다.

하지만 서울지방국세청은 Y씨 개인통합조사 시 총 21명의 봉직의사를 고용해 전국 21개 의료기관을 개설 운영한 사실을 확인해 부가가치세 면세대상이 아닌데도 의료영역을 잘못 판단해 수입금액(공급대가)에 대한 부가가치세를 부과하지 않고 세무조사를 종결했다.

Y씨가 의료법을 위반해 봉직의사 명의로 의료기관을 개설 운영하면서 발생한 수입금액 중 2012년 2분기 과세대상 금액 16억 9900만원에 대한 부가가치세 3억 2000만원을 미징수한 것이다.

감사원은 의료법을 위반해 의료기관을 중복 개설 운영한 A 의료기관에 대해 부가가치세법에 따라 2012년 2분기 부가가치세를 징수 결정하는 방안을 마련할 것을 서울지방국세청에 통보했다.

감사원은 또한 앞으로 부가가치세 면세 대상이 아닌 명의대여 등 의료법을 위반한 의료기관에 대해 부가가치세 부과를 누락하는 일이 없도록 업무를 철저히 할 것을 주의 조치했다.

서울지방국세청은 감사원 감사결과를 수용해 앞으로 명의대여 의료기관 수입금액에 대한 부가가치세 징수가 누락되지 않도록 관련 업무를 철저히 하겠다는 의견을 제시했다.