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제바협, 국세청에 "R&D 세액공제 이월기간 늘려달라"

발행날짜: 2026-10-30 16:58:31 업데이트: 2026-10-30 16:59:27
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제바협·중부지방국세청 현장 간담회…16개 회원사 참석
최저한세 적용 배제 확대·R&D 세무조사 부담 완화 건의

[메디칼타임즈=김민건 기자] 국내 제약바이오업계가 신약 개발에 필요한 장기적인 연구개발(R&D) 투자를 뒷받침하기 위해 세액공제 이월기간 확대와 세무조사 부담 완화를 국세청에 건의했다. 신약 개발 초기 발생한 세액공제를 충분히 활용할 수 있도록 제도를 개선해 달라는 요구다.

제약바이오협회는 중부지방국세청에 제약바이오기업 회원사들의 어려움을 전달했다.

한국제약바이오협회(회장 노연홍)는 30일 경기 성남시 휴온스글로벌 에이펙스홀에서 중부지방국세청과 회원사 최고경영자(CEO) 간담회를 개최했다고 밝혔다. 양 기관이 현장 간담회를 연 것은 이번이 처음이다.

간담회에는 김지훈 중부지방국세청장을 비롯한 국세청 간부진과 이재국 한국제약바이오협회 부회장, 김영주 종근당 대표이사 사장 등 16개 회원사 대표 및 최고재무책임자(CFO) 등이 참석했다.

중부지방국세청은 국세 행정 성과와 운영 방안을 설명하고, 주요 세무 이슈와 신고 과정에서 놓치기 쉬운 확인 사항, 세무조사 중점 검증 항목 등을 안내했다. 이후 제약바이오업계 관계자들과 질의응답을 진행했다.

업계가 중점적으로 건의한 사항은 R&D 세액공제 제도의 실효성 강화다.

제약바이오기업들은 신약 개발에 장기간 투자가 필요한 산업 특성을 고려해 R&D 세액공제 이월공제 기간을 확대를 요청했다. 개발 초기 발생한 세액 공제를 기업이 충분히 활용할 수 있도록 제도를 개선해 달라는 취지다.

R&D 세액 공제에 대한 최저한세 적용 배제 대상과 범위 확대도 건의했다. 연구 개발 투자에 대한 세제 지원 효과를 높일 필요가 있다는 의견이다.

세무조사 부담 완화도 주요 건의사항으로 제시됐다.

업계는 연구 개발에 집중하는 기간에는 세무조사를 축소하거나 유예하고, 성실신고 기업에 대해서는 조사 대상 선정 과정에서 우대해 달라고 요청했다. 세무조사 대응이 기업의 연구 개발 활동에 미치는 영향을 고려해야 한다는 것이다.

김지훈 중부지방국세청장은 "제약바이오산업은 국민 건강과 직결되는 국가 핵심 산업이자 미래 성장동력으로 그 중요성이 더욱 커지고 있다"면서 "오늘 이 자리가 국세청과 제약바이오업계가 서로에 대한 이해를 넓히고, 앞으로 더욱 긴밀하게 협력하는 좋은 출발점이 되기를 기대한다"고 말했다.

이재국 한국제약바이오협회 부회장은 "제약바이오산업의 경쟁력은 혁신적인 기술과 제품에서 나오며 그 성과를 지속가능한 성장으로 이어가기 위해서는 정확한 회계 처리와 성실한 세무 관리가 뒷받침되어야 한다"면서 "협회는 앞으로도 세정 당국과 지속적인 소통을 통해 기업 현장의 애로사항을 전달하고, 관련 현안을 함께 논의할 수 있도록 적극 뒷받침하겠다"고 말했다.

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